绿岛由於海水洁净、阳光充足，所以海底孕育出炫烂的珊瑚礁世界，其中最负盛名的，当然是有千年历史的「香菇头」，还有在珊瑚礁群讨生活的各种鱼类，形成生气勃勃的海底世界，有如一座天然的海洋花园。其中大白沙、石朗和柴口为绿岛最着名的潜水地点。

大白沙设置有浮潜专用的步道，不过由於大白沙的海底深度变化大，潮流比较不稳定，适合中级或高级的水肺潜水；石朗与柴口的海域有较多珍贵的软硬珊瑚，丰姿绰约的小丑鱼、角蝶鱼等，形成一幅优美海底景观，在此浮潜载沈载浮於海中，悠游观赏奇妙的珊瑚世界，体验与水肺潜截然不同的乐趣。

中寮
位於绿岛的北岸。在海底地形方面，到处是突起的礁块，以石珊瑚种类数量较为丰富。水深五、六公尺处可见聚集成片的海鸡头软珊瑚，离港约四十公尺时，水深约八公尺礁壁上可见倒悬着许多丛生的红海扇（海流辐辏地区）。

大峡谷
位於绿岛的北岸，因其落差大约35公尺而得名。本区为石珊瑚优势的群聚地，常见种类有：轴孔珊瑚、表孔珊瑚、菊珊瑚、微孔珊瑚，还有大量的海绵及海扇（海流变化大）。

楼门岩
位於绿岛东北方的一块突出海上的门形礁石；在海底礁石崖壁上附着大量的海绵、海鞘、海扇等；还有大型红海扇珊瑚悬挂於上，在水流湍急时常见成群乌尾冬。本处由於水流强劲，因此一般只有在背流区才适合进行潜水活动。

海叁坪
位於绿岛东面。珊瑚分布以近岸水深三、四公尺处最多，有角菊珊瑚、穗软珊瑚及蕈珊瑚等。本区海底底质为珊瑚礁岩与鹅卵石组成，景观单调，较缺乏亮丽的特色。

温泉
位於绿岛南岸略东处，处於东北季风迎风面，多石珊瑚，鱼群较多是不错的潜水区。常见石珊瑚：轴孔珊瑚、微孔珊瑚、蓝珊瑚，另有少许软珊瑚：穗软珊瑚及叶形软珊瑚。

南寮湾
位於绿岛西岸，其中以大香菇最具特色。大香菇位於石朗渔业资源保育区水深20公尺处，为已知世界上体型最大的团块微孔珊瑚体，约有12公尺高，若以其每年成长一公分厚度，估计年龄在1200年以上（世界级的现生生物古迹）。四周大型石珊瑚群体和软珊瑚交错分布。许多珊瑚群体的直径可达5公尺，形成独立珊瑚丘，是非常壮观的景致；石珊瑚的种类以星孔珊瑚、微孔珊瑚、双星珊瑚、斜花珊瑚等为主，软珊瑚以伞形软珊瑚为最多。

浮潜准备


＜浮潜业者之义务＞
１·业者对於游客安全性之简介、填写游客投保名额及游客切结书。
２·浮潜业者指派核格之浮潜指导员。
３·游客领取浮潜装备。
４·浮潜指导员讲解装备名称及示范使用方式。
＜浮潜基地任务＞
１·浮潜基地之地形、水纹流向介绍。
２·海底生物介绍。
３·编列游客水性之性能。
４·滩前适应。
５·告知游客浮潜突发状况之处理方式。
保险证明

＜若浮潜时发生身体不适突发状况处理方式＞
１·请求同行业者或伙伴协助带领其馀游客。
２·亲自将患者拖带至岸上休息。
＜若浮潜时发生溺水突发状况处理方式＞
１·请求同行业者或伙伴协助带领其馀游客上岸。
２·与另乙名指导员或暗水性游客将溺水者拖带上岸。
３·就近店家或请他人通知119及必要时对患者实施人工呼吸。