绿岛由於海水洁净、阳光充足，所以海底孕育出炫烂的珊瑚礁世界，其中最负盛名的，当然是有千年历史的「香菇头」，还有在珊瑚礁群讨生活的各种鱼类，形成生气勃勃的海底世界，有如一座天然的海洋花园。其中石朗和柴口为绿岛最着名的潜水地点。
大白沙设置有浮潜专用的步道，不过由於大白沙的海底深度变化大，潮流比较不稳定，适合中级或高级的水肺潜水；石朗与柴口的海域有较多珍贵的软硬珊瑚，丰姿绰约的小丑鱼、角蝶鱼等，形成一幅优美海底景观，在此浮潜载沈载浮於海中，悠游观赏奇妙的珊瑚世界，体验与水肺潜截然不同的乐趣。